O novo PNV, em vigor a partir de Janeiro de 2006, foi aprovado pelo Despacho Ministerial nº 4570/2005 de 9 de Dezembro de 2004, publicado no Diário da República n.º 43 - II Série, de 2 de Março de 2005 e vem substituir o PNV de 2000. O PNV de 2006 inclui as vacinas contra a tuberculose, a hepatite B, a difteria, o tétano, a tosse convulsa, a poliomielite, a doença invasiva por Haemophilus influenzae do serotipo b, o sarampo, a parotidite epidémica, a rubéola e a doença invasiva por Neisseria meningitidis de serogrupo C.